Introducción al ADN ambiental y metabarcoding de comunidades de eucariotas

Día 1:

• Sesión 1: Introducción al ADN ambiental y al metabarcoding: tipos de muestras ambientales, marcadores de metabarcoding, cobertura y resolución taxonómica, primer bias, estrategias de multiplexado y secuenciación, estocasticidad y reproducibilidad.
• Sesión 2: Pipelines de metabarcoding: diversidad de pipelines para diferentes tipos de datos, partes básicas de un pipeline de metabarcoding, los pipelines MJOLNIR y MJOLNIR3.

Día 2:

• Sesión 3: Análisis preliminar de datos de secuencia: control de calidad, demultiplexado, quimeras, métodos de eliminación de ruido (denoising) y análisis de conglomerados (clustering), MOTU y ESV.
• Sesión 4: Asignación taxonómica: diversidad de algoritmos de asignación, bases de datos de referencia.

Día 3:

• Sesión 5: Tratamiento de datos de metabarcoding: cálculos de diversidad alfa y beta, abundancia relativa de lecturas, métodos de rarefacción, especies indicadoras, representación de la diversidad taxonómica y genética, introducción a los métodos de metafilogeografía.
• Sesión 6: Diseño de proyectos de metabarcoding.