Introducció a l'ADN ambiental i metabarcoding de comunitats d'eucariotes

Dia 1:

• Sessió 1: Introducció a l'ADN ambiental i al metabarcoding: tipus de mostres ambientals, marcadors de metabarcoding, cobertura i resolució taxonómica, primer bias, estratègies de multiplexing i seqüenciació, estocasticitat i reproducibilitat.
• Sessió 2: Les pipelines de metabarcoding: diversitat de pipelines per a diferents tipus de dades, parts bàsiques de una pipeline de metabarcoding, les pipelines MJOLNIR i MJOLNIR3.

Dia 2:

• Sessió 3: Anàlisi preliminar de dades de seqüencia: quality control, demultiplexing, quimeres, mètodes de denoising i clustering, MOTUs i ESVs.
• Sessió 4: Assignació taxonòmica: diversitat d'algoritmes d'assignació, bases de dades de referència.

Dia 3:

• Sessió 5: Tractament de dades de metabarcoding: càlculs d'alfa i beta diversitat, abundància relativa de lectures, mètodes de rarefacció, espècies indicadores, representació de la diversitat taxonòmica i genètica, introducció als mètodes de metafilogeografia
• Sessió 6: Disseny de projectes de metabarcoding.